1) 클로르헥시딘에 과민증의 병력이 있는 사람

2) 뇌, 척수, 눈, 귀(내이, 중이, 외이)(청각신경 또는 중추신경에 직접 사용할 경우 난청, 신경장애를 일으킬 수 있다.)

3) 점막, 특히 생식기 점막

4) 2개월 이하의 영아 

1) 다른 약물에 과민증 환자

2) 천식 등 알레르기 질환 및 그 병력 또는 가족력이 있는 환자

3) 상처난 피부(특히 화상), 점막, 미성숙 피부의 넓은 부위에 사용될 경우 위험성은 커진다. 클로르헥시딘의 피부흡수는 매우 작지만, 전신효과에 대한 위험을 배제할 수 없다. 

1) 국소 알레르기, 접촉성 습진의 전신발현 위험이 있다. 상처난 피부나 점막에 적용시 위험성이 증가된다.

2) 전신 알레르기 위험이 있으며, 드물게 아나필락스성 쇽까지도 일으킬 수 있다.

3) 드물게 쇽이 나타날 수 있으므로 충분히 관찰하고 구역, 불쾌감, 식은땀, 어지러움, 답답함, 호흡곤란, 발적 등의 증상이 나타날 경우에는 즉시 사용을 중지할 것

4) 때때로 발진, 두드러기 등의 과민증상 및 고농도에서 자극감이 나타날 수 있으며 이러한 경우에는 사용을 중지한다.

5) 광감작이 나타날 수 있다. 

1) 외용으로만 사용하며 경구복용 및 주사하지 않는다. 실수로 마신 경우 우유, 계란, 젤라틴 등을 이용하여 위세척 등을 하고 적절한 처치를 한다. 실수로 정맥주사한 경우 용혈반응을 방지하기 위해 수혈한다. 경구로 대량 섭취했을 경우 병원에 갈 것

2) 눈에 접촉시 각막손상을 일으킬 수 있으므로 눈에 들어가지 않도록 주의하고 만약 들어갔을 경우에는 즉시 깨끗한 물로 잘 씻어낸다.

3) 광범위하게 또는 장기간 사용하는 경우에는 증기를 흡입하지 않도록 주의한다.

4) 수술기구 소독에는 사용하지 말 것.

5) 알코올 함량을 고려할 것.

6) 비누류는 이 약의 살균작용을 약화시키므로 충분히 씻어 제거한 후 사용한다.

7) 이 약은 섬유•헝겊(면, 거즈, 울, 레이온 등)에 흡착되므로 용액에 적셔서 사용시 유효농도 이상이 아닐 경우 새로운 용액을 공급한다.

8) 인화성 액체이므로 주의할 것.

9) 전기기구 사용 전에 건조시킨다.

10) 쇽 발현에 대비하여 사용시 클로르헥시딘제제에 대한 과민증의 병력, 약물과민체질 여부 등을 충분히 문진해야 한다.

11) 글루콘산클로르헥시딘 제제로 인해 쇽을 일으킨 환자 중 몇 명에서 혈청 중 클로르헥시딘에 특이적인 IgE 항체가 검출된 보고가 있다.